Les antibiotiques éliminent-ils vraiment vos bactéries intestinales ?

Notre corps héberge des milliards de bactéries sans lesquelles nous ne pouvons pas vivre – la densité la plus élevée se trouvant dans nos intestins. Mais endommageons-nous de façon permanente cette partie cruciale de notre corps à chaque fois que nous prenons des antibiotiques ?

"Le microbiome intestinal est un réseau complexe de formes de vie microbiotiques et de tout ce dont elles ont besoin pour se maintenir dans la niche du corps", explique James Kinross, chirurgien colorectal consultant à l'Imperial College de Londres.

Le microbiome intestinal joue un rôle important dans le maintien de notre santé, notamment en régulant le système immunitaire et en facilitant la digestion. Et les experts affirment que les antibiotiques constituent l’une des plus grandes menaces pour notre microbiome intestinal.

Les antibiotiques, couramment prescrits pour traiter et prévenir les infections bactériennes, constituent la pierre angulaire de la médecine moderne. Mais en ciblant les bactéries responsables des infections dans notre corps, les antibiotiques peuvent également éliminer par inadvertance les autres bactéries de notre corps.

Les scientifiques s’inquiètent de plus en plus des conséquences sur la santé de notre dépendance croissante aux antibiotiques ; entre 2000 et 2015, les prescriptions mondiales d’antibiotiques ont augmenté de 65 %. Le problème de cette utilisation croissante des antibiotiques est double : les dommages causés à nos microbiomes intestinaux et la résistance bactérienne croissante aux antibiotiques.

Les antibiotiques sont devenus la pierre angulaire de la médecine moderne, mais leur utilisation excessive suscite des inquiétudes croissantes (Crédit : Getty Images)

"Les antibiotiques perturbent l'écosystème complexe de notre microbiome intestinal et, ce faisant, exposent les bactéries survivantes à un risque accru de transmettre leurs gènes résistants à des agents pathogènes", explique Gautam Dantas, professeur de laboratoire et de médecine génomique à la faculté de médecine de l'université de Washington. à St Louis aux Etats-Unis.

Nous savons que plus notre population de bactéries intestinales est diversifiée, mieux c’est. Mais chaque traitement antibiotique perturbe cette population car les antibiotiques ne sont pas suffisamment ciblés pour tuer uniquement les bactéries pathogènes à l’origine de l’infection. Au lieu de cela, ils s’attaquent à toutes les bactéries présentes dans nos intestins.

"Il y a un impact collatéral", explique Dantas. "Pensez à une forêt où vous essayez de vous débarrasser d'une infection par une mauvaise herbe ; la façon dont nous déployons des antibiotiques consiste à bombarder la forêt en tapis, tuant les bons et les mauvais."

Lorsque les scientifiques ont examiné rétrospectivement les microbiomes de personnes ayant eu une infection suivie d'un traitement antibiotique, ils ont constaté que la diversité du microbiome se rétablissait en grande partie en quelques mois, explique Dantas. Mais chez certaines personnes, certaines bonnes bactéries ne réapparaissent plus, ajoute-t-il.

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Dantas et son équipe de chercheurs ont étudié des échantillons de selles prélevés sur des enfants traités à l'hôpital pédiatrique rattaché à son laboratoire. Ces échantillons ont été collectés systématiquement, avant toute infection et tout antibiotique, ce qui a permis à son équipe de constater les changements chez les enfants qui contractent une infection et reçoivent des antibiotiques plus tard.

Dantas a utilisé ces échantillons pour comparer les modifications du microbiome intestinal après l’administration d’antibiotiques chez deux groupes de nourrissons : les bébés prématurés, nés avant 36 semaines, et les nourrissons à terme, nés après 36 semaines.

"Ce que nous savons qui se produit chez les adultes après l'administration d'antibiotiques se produit de manière plus dramatique chez les bébés : une plus faible diversité du microbiome et d'énormes pics de gènes résistants aux médicaments", dit-il.

Bien que les effets diffèrent d’une personne à l’autre et dépendent de notre âge, les scientifiques s’accordent à dire que les effets d’un seul traitement antibiotique peuvent être permanents.

"Certaines personnes sont très susceptibles d'être endommagées dans [leur] microbiome par les antibiotiques, et l'écologie de leur microbiome changera radicalement et ne reviendra jamais à ce qu'elle était avant la dose d'antibiotiques", explique Kinross.

"Nous perdons de la diversité dans nos intestins et les microbes cruciaux qui nous ont soutenus pendant des centaines de milliers d'années [sont perdus] à une échelle de temps sans précédent."

Mais les scientifiques tentent toujours d’évaluer les conséquences à long terme de l’utilisation d’antibiotiques sur notre microbiome intestinal.